Keanekaragaman hayati Indonesia berdasarkan penyebarannya (Biogeografi) ditentukan oleh kondisi geografis seperti ketinggian, garis lintang, dan keadaan iklim (curah hujan, suhu, dan radiasi cahaya).
Berdasarkan fauna dan floranya, biogeografi ada 2 jenis, yaitu persebaran hewan (zoogeografi) dan persebaran tumbuhan. Tumbuhan yang menutupi daerah tertentu dinamakan vegetasi.
Persebaran tumbuhan ditentukan oleh faktor geologis, geografis dan curah hujan. Tipe vegetasi berdasar ciri-cirinya yaitu tundra, taiga, hutan gugur, padang rumput, padang rumput, vegetasi gurun, sabana, hutan hujan tropis, hutan bakau, dan hutan lumut.
Keanekaragaman hayati Indonesia berdasarkan ekosistem perairannya ada 2, yaitu Ekosistem air tawar dan Ekosistem air laut.
